עבודת הביקורת במכון נעשית במספר שלבים:
התנעת הביקורת
התנעת הביקורת באמצעות מפגשים עם מנהלים ואנשי מפתח בתהליך הנבדק.
הערכת סיכונים
איסוף מידע להבנה מעמיקה של הפעילות המבוקרת ולהערכת הסיכונים הרלוונטיים לה.
הכנת תוכנית
הכנת תוכנית ביקורת על בסיס למידת הסביבה התפעולית והרגולטורית.
איסוף נתונים
איסוף וכרייה של נתונים.
ניתוח נתונים
ניתוח הנתונים שנאספו.
אימות ממצאים
אימות ממצאים תוך דיונים עם המבוקרים הישירים על טיוטת הדוח והמלצותיו.
הצגת טיוטה והמלצות
הצגת טיוטת הדוח וההמלצות שבו לרמות הממונות על המבוקרים הישירים ובהמשך להנהלה.
הפצת הדוח
הפצת הנוסח הסופי של הדוח לגורמים הרלוונטיים.
דיון בוועדה
דיון בדוח הביקורת, ממצאיו והמלצותיו בוועדת הביקורת.
יישום ההמלצות
ניהול מעקב מסודר ושיטתי אחר יישום ההמלצות שאושרו ע״י ועדת הביקורת.