כדי לאפיין זהות של מרחב מסוים בתא (כגון מיקום של חלבון או אברון) המסומן בצבע פלורוסנטי ייחודי לו,
ניתן לבדוק את היחסיות המרחבית שלו כלפיי סימון בצבע אחר הידוע מראש בתא.
כך ניתן לקבוע האם ממוקמים באופן דומה ואת פרופורציית הגודל ביניהם, בצורה מדויקת עפ"י הפיקסלים החופפים.